1. Lãnh đạo Trung tâm
a) Trung tâm có Giám đốc là 01 Phó Chánh Văn phòng Ủy ban nhân dân thành phố kiêm nhiệm và không quá 03 Phó Giám đốc tương đương Trưởng phòng thuộc Văn phòng Ủy ban nhân dân thành phố Đà Nẵng. Lãnh đạo Trung tâm do Chủ tịch Ủy ban nhân dân thành phố quyết định bổ nhiệm.
b) Giám đốc là người đứng đầu Trung tâm, chịu trách nhiệm trước Chánh Văn phòng Ủy ban nhân dân thành phố và trước pháp luật về thực hiện chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn của đơn vị; chỉ đạo, điều hành mọi hoạt động của Trung tâm để thực hiện đầy đủ chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn được giao theo quy định.
c) Phó Giám đốc là người giúp Giám đốc thực hiện một hoặc một số nhiệm vụ cụ thể do Giám đốc phân công và chịu trách nhiệm trước Giám đốc và trước pháp luật về thực hiện nhiệm vụ được phân công. Khi Giám đốc vắng mặt, Giám đốc ủy nhiệm cho một Phó Giám đốc điều hành hoạt động của Trung tâm.

2. Các phòng chuyên môn thuộc Trung tâm
a) Phòng Hành chính - Tiếp nhận và trả kết quả.
b) Phòng Kiểm soát thủ tục hành chính.

3. Việc thành lập, sáp nhập, chia tách, giải thể các phòng thuộc Trung tâm thực hiện theo quy định pháp luật và quy định về phân công, phân cấp quản lý tổ chức bộ máy hiện hành của Ủy ban nhân dân thành phố. 

4. Việc bổ nhiệm, bổ nhiệm lại, miễn nhiệm, khen thưởng, kỷ luật, nghỉ hưu và thực hiện chế độ, chính sách khác đối với công chức, viên chức, người lao động tại các phòng thuộc Trung tâm được thực hiện theo quy định pháp luật và quy định về phân công, phân cấp quản lý tổ chức bộ máy, công chức, viên chức của Ủy ban nhân dân thành phố.