Bất cập, hạn chế ở đây là vấn đề tổ chức hoạt động của bộ máy Trung tâm phát triển quỹ đất (TTPTQĐ); công tác phối hợp giữa TTPTQĐ với các cơ quan, đơn vị có liên quan trong tổ chức thực hiện việc bồi thường, hỗ trợ và tái định cư. Mô hình hoạt động của TTPTQĐ và các Chi nhánh hiện nay có những tồn tại, bất cập, thiếu tính chủ động, thiếu sự chỉ đạo, phối hợp giữa các cơ quan có liên quan trong thực thi nhiệm vụ, đặc biệt khi xử lý vướng mắc còn đi lòng vòng, qua nhiều tầng nấc trung gian; mối quan hệ giữa TTPTQĐ với các Chi nhánh chưa được chặt chẽ, đồng bộ; đặc biệt nhiệm vụ, quyền hạn chính của TTPTQĐ là tạo lập, phát triển, quản lý, khai thác quỹ đất chưa được quan tâm đúng mức. Qua số liệu báo cáo cho thấy, hiện nay TTPTQĐ đang quản lý 07/235 dự án đang triển khai nhưng số lượng người làm việc nhiều (64 người); giữa TTPTQĐ và Chi nhánh trong thực hiện nhiệm vụ bồi thường, hỗ trợ và bố trí tái định cư còn chồng lấn; chưa có tiêu chí cụ thể nào quy định cùng một dự án trên địa bàn thì TTPTQĐ hay Chi nhánh tổ chức thực hiện việc bồi thường, hỗ trợ và tái định cư.

     Ngoài ra, Chủ tịch UBND các quận, huyện là Chủ tịch HĐGPMB nhưng việc điều hòa, phối hợp với chủ đầu tư, ban quản lý dự án, chi nhánh TTPTQĐ chưa chặt chẽ, đồng bộ; tiến độ xử lý của các cơ quan còn chậm làm ảnh hưởng đến tiến độ giải tỏa như chậm xử lý vướng mắc hồ sơ kỹ thuật không khớp với hồ sơ địa chính; chậm việc xuất thửa lại hồ sơ kỹ thuật khi có sai sót hoặc thay đổi; quy trình điều chỉnh quy hoạch phức tạp, qua nhiều đơn vị, kéo dài thời gian; cán bộ làm công tác giải tỏa đền bù không thuộc quản lý của UBND quận, huyện nên khó khăn trong công tác chỉ đạo, điều hành; đặc biệt là chưa giao đầu mối trong việc kiểm tra, đôn đốc tiến độ GPMB, nhất là các dự án khớp nối; năng lực của các đơn vị thi công còn hạn chế nhưng thiếu chế tài xử lý…Hơn nữa, thực tế hiện nay chưa có cơ chế xử lý vướng mắc phát sinh khi GPMB.

     Trong thời gian đến, để thực hiện tốt công tác thu hồi đất và bồi thường, hỗ trợ, tái định cư, giải quyết bức xúc của cử tri, làm ảnh hưởng đến cuộc sống của người dân khi để dự án kéo dài, thiết nghĩ những đơn vị có liên quan cần thực hiện nghiêm túc những quyết định, chủ trương, hướng dẫn của các cấp trong công tác giải tỏa đền bù; thực hiện đúng vai trò, chức năng của TTPTQĐ. Đồng thời tiến hành rà soát, đánh giá tổ chức, hoạt động của Trung tâm phát triển quỹ đất thành phố, thực hiện Chương trình hành động số 17 Ctr/TU của Thành ủy về thực hiện Nghị quyết số 19-NQ/TW ngày 25/10/2017 của BCHTW về “Tiếp tục đổi mới hệ thống tổ chức và quản lý, nâng cao chất lượng và hiệu quả hoạt động của các đơn vị sự nghiệp công lập” về lĩnh vực tài nguyên và môi trường, để tổ chức bộ máy của TTPTQĐ tinh gọn, hoạt động hiệu lực, hiệu quả.